После замены файлов с изменением прав доступа, Вы хотите вернуть все назад как было раньше, тогда Вам надо выполнить следующее действие:
Смотрим свойства файла вкладка Безопасность, нас интересует информация Группы или пользователи для всех групп или пользователей должны стоять галочки против Чтение и выполнение, Чтение, только для TrustedInstaller должен стоять Полный доступ, Изменение, Чтение и выполнение, Чтение.
[cut noguest=Посмотреть]

[/cut]
Если это не так, то приступаем к исправлению: Изменяем владельца на Администраторы.. Для этого на вкладке Безопасность выбираем Дополнительно, на вкладке Владелец выбираем Изменить, выбираем Администраторы, нажимаем Применить, ОК, ОК
[cut noguest=Посмотреть]

[/cut]
Снимаем галочку с Добавить разрешения, наследуемые от родительских прав, для этого на вкладке Безопасность выбираем Дополнительно, на вкладке Разрешения нажимаем Изменить разрешения и снимаем галочку с Добавить разрешения, наследуемые от родительских прав в появившемся окне выбираем Добавить, нажимаем Применить, Да, ОК, ОК.
[cut noguest=Посмотреть]

[/cut]
Добавляем нового пользователя, для этого на вкладке Безопасность выбираем Изменить, выбираем Добавить, в окне Ведите имена выбираемых объектов вводим NT SERVICE\TrustedInstaller нажимаем ОК и в появившемся окне выбираем Полный доступ, выставляем необходимые права доступа для всех остальных групп, нажимаем Применить, Да.
Изменяем Владельца на TrustedInstaller, Для этого на вкладке Безопасность выбираем Дополнительно, на вкладке Владелец выбираем Изменить, выбираем Другие пользователи и группы, в окне Введите имена выбираемых объектов, вводим NT SERVICE\TrustedInstaller